La primera piedra de la iglesia de Nuestra Señora del Juncal de Irun fue colocada por D. Diego Hurtado de Mendoza y Luna, gobernador del castillo de Fuenterrabía, el 4 de diciembre de 1508.

Se tardó un siglo en construirla.

 Iglesia del Juncal. Al fondo las Peñas de Aia.

(Detalla de la litografía de G. Pérez Villamil)

Para la construcción de la iglesia se emplearon sillares de piedra del monte Jaizkibel, que se traían en gabarras desde el embarcadero de Urdanibia hasta el mismo pie de obra.

No se terminó hasta 1606 por lo que es un conjunto de elementos de distintos estilos arquitectónicos.

En 1604 se había colocado el reloj. El globo y la veleta se instalaron en 1606.

El primer órgano es de 1613 y la sacristía se construyó en 1620. 

Dispone de tres naves de igual altura, en las que destaca la anchura de la nave principal respecto de las laterales.

La nave central mide 45 m. de largo,  y es casi tan alta como ancha, puesto que su anchura es de 24 metros y su altura de 22 metros.

El campanario de la torre de la iglesia es obra de Fray Miguel de Aramburu diseñó en 1600.

A la torre queda adosado un gran garitón, con la escalera de caracol al interior. Tiene aspecto de de fortaleza militar, en las que las pequeñas ventanas parecen saeteras.

La portada barroca es probablemente de 1647.

Interior de la iglesia de Nuestra Sra. del Juncal de Irun.

El retablo mayor, obra concebida en 1643 y cuyos autores fueron Bernabé Cordero, en su parte arquitectónica, y Juan de Bazcardo, en la escultórica. Se terminó en 1650.

En su altar mayor se encuentra la figura de la Virgen del Juncal, del siglo XI, que es la talla románica más antigua de la provincia de Gipuzkoa.